أنشئ قسم الهندسة الميكانيكية والصناعية، كما كان يسمى في السابق، سنة 2004م ليشكل إحدى فروع برامج الدراسات العليا داخل مدرسة العلوم التطبيقية والهندسية. وأستهل القسم نشاطه مع بداية فصل الربيع من نفس السنة حيث قبل به حوالي ثلاثون طالبا موزعين على شعبتي القوى الميكانيكية والإنتاج. وعند بداية فصل الخريف من سنة 2008 انضم إلى القسم شعبتي الطاقة البديلة وتحلية المياه واللتان كانتا تحت مظلة قسم مستقل سمى باسم الشعبتين (قسم الطاقة البديلة وتحلية المياه) أنشئ سنة 2006م. وبعد دمج القسمين في قسم واحد تحت اسم الهندسة الميكانيكية والطاقات، تجاوز عدد الطلبة ثلاثمائة طالب.